Здравствена заштита животиња аквакултуре представља значајан сегмент рада Сектора за здравље животиња. Радници Института сарађују са ципринидним и салмонидним рибогојилиштима у земљи и регији, као и произвођачима и дистрибутерима рибље хране. Поред теренског рада, у Институту се обавља дијагностика важнијих паразитских, бактеријских и вирусних обољења риба.

На хладноводним, односно салмонидним рибогојилиштима у земљи гаји се углавном калифорнијска пастрмка. Доминира узгој у проточним објектима и кавезима. Патолошка стања која се најчешће срећу су паразитске болести проузроковане флагелатама и цилијатама, као и бактеријске болести проузроковане са Yersinia ruckeri, Flavobacterium spp. и другим узрочницима.

На топловодним, ципринидним рибњацима гаји се већином шаран, амур и толстолобик. Доминирају патолошка стања проузрокована промјеном квалитета воде и паразитске болести. Честе су миксоспоридиозе, дактилогирозе, инфекције пантљичарама, те инфекције једноћелијским паразитима. Такође, није риједак случај да се на оваквим рибњацима дијагностикују бактеријске и гљивичне болести.

Болест црвених уста калифорнијске пастрмке проузрокована са Yersinia ruckeri

Ово обољење је једно од најчешће дијагностикованих системских обољења калифорнијске пастрмке у нашој земљи. Његов значај се огледа у великим директним губицима које наноси. Наиме, јерсиниоза углавном изазива угинуће крупније млађи или претконзумне рибе. Карактерише се тамном пигметацијом, буљавошћу, присуством краварења на рубовима уста и у основама пераја. Анални отвор је зацрвењен. На унутрашњим органима честа су крварења. Слезина је увећана, а цријева захваћена катаралним или хеморагичним запаљенским процесом.

Мада се болест може успјешно лијечити антибиотицима, предност треба дати превентивним мјерама, које чине биосигурносне мјере, те вакцинација инактивисаним вакцинама.